La Carrera de Química Farmacéutica fue creada el 10 de noviembre de 1838 por Decreto supremo en el gobierno del General José Ballivián quien dispone la creación de la Escuela de Farmacia como cátedra de Farmacia como materia Farmacéutica y Farmacia Experimental dentro de la Facultad de Medicina otorgando a los profesionales formados en la misma el título de Médico-Farmacéutico.

En década de los 40, se adquiere el único Laboratorio para la Escuela de Farmacia iniciando la labor en el Instituto Experimental de Biología en 1945.

Hasta 1947, la Escuela adopta un plan de estudios muy especial, con el único objetivo de formar farmacéuticos, orientados exclusivamente al despacho de recetas como una aplicación farmacéutica pero el año 1949 se incorpora al plan de estudios la asignatura de Bromatología  con el objetivo de orientar la formación académica también al alimento.

Es el año 1950 y 1952 que se da mayor énfasis a asignaturas del Area de Química, se independiza la Asignatura de Química Analítica se separan asignaturas del como Quimica orgánica  y Química inorgánica

En 1954, se lleva a cabo la Primera Conferencia de Facultades del Area de Ciencias de la salud Medicina, Odontología y Farmacia, evento en el cual se resalta el nivel académico superior que ostenta la Escuela de Farmacia de la Universidad San Francisco Xavier y se establecen acuerdos que en la gestión.

1956, en cumplimiento a los acuerdos de esta Conferencia de Facultades que se elabora y aprueba un plan de estudios mínimo para la Escuela de Farmacia y de acuerdo al artículo 3º del Estatuto Orgánico de la Universidad Mayor, Real y Pontificia de San Francisco Xavier de Chuquisaca, se cambia la denominación por Escuela de Química y Farmacia otorgándose a partir de agosto 1957 por Resolución de Consejo Universitario, el Título de Químico Farmacéutico.

Hasta  el año 1963, la Escuela de Farmacia mantiene su estructura y no responde a su nueva denominación. En 1965, la Escuela de Farmacia, comienza la formación de profesionales independiente de la Facultad de Medicina por Resolución Nº 125/65 del 8 de octubre de 1965. Y es el año 1966 que  nace la Escuela de Farmacia y Bioquímica con 5 años de estudio y otorga los títulos de: Farmacéuticos y Bioquímicos.

El 24 de julio de 1970 por Resolución de Consejo Universitario Nº 58/70, se determina la creación de la Facultad de Farmacia y Bioquímica. En consideración al amplio perfil del profesional Farmacéutico Bioquímico y la amplitud de funciones a desempeñar en cada una de las profesiones, en la Sectorial Nacional de Facultades de Farmacia y Bioquímica efectuada el año 1990, se determinó efectuar la Formación de profesionales Químico Farmacéutico y Bioquímicos en forma separada.

A partir de 1984 se pone en vigencia un nuevo Plan de Estudios con sistema anualizado mismo en el que incorporan asignaturas como metodología de le investigación, microbiología Industrial y Sociología

El año 1992, por Resolución de Consejo Universitario Nº 89/92, se recobra la Jerarquía de Facultad bajo la designación de Facultad de Ciencias Químico Farmacéuticas y Bioquímicas.

Por resolución de Asamblea Docentes estudiantil el año 1998 se determina separar las Carreras  para su funcionamiento independiente, estructuradas en sistema anualizado con 5 años de estudio, que no comprende la modalidad de titulación,  para optar el título de Licenciado en Química Farmacéutica

El año 2006 la Carrera de Química farmacéutica en la Gestión de la Dra. Jenny Duran Pérez es ACREDITADA POR PRIMERA VEZ.

En la gestión 2014 por disposiciones de autoridades superiores, con la correspondiente aprobación del Honorable Consejo Universitario, se reduce la formación con grado de licenciatura de 5 a 4 años  que de igual manera no contempla el tiempo requerido para la modalidad de graduación ( Tesis de grado, internado rotatorio o excelencia académica) modalidad que está vigente en la actualidad. En base a Resolución de Consejo Universitario N°007/2014 se adecua  la carga horaria de la Carrera a veinticuatro horas semana realizando un rediseño curricular con ajustes en la malla curricular disminuyendo carga horaria en todas las asignaturas.

El 2018 con la presencia de Autoridades Universitarias, Facultativas, Personal Administrativo e invitados especiales, se efectuó la entrega de la nueva infraestructura de la Fase III del Instituto Experimental de Biología “Luis Adam Briancon”, correspondiente a los laboratorios de la Facultad de Ciencias Químico Farmacéuticas y Bioquímicas; que permite contar con nuevos ambientes para prácticas de laboratorio.

La Carrera cuenta con el Centro de Información del medicamento CIM, el cual brinda información actualizada del medicamento basada en la evidencia científica disponible promoviendo  el uso racional de los medicamentos.  Trabaja conjuntamente la red de centro de información médica de Bolivia para lograr un trabajo en equipo para el servicio a pacientes, estudiantes,  profesionales de la salud y comunidad en general. la población desarrollando actividades en coordinación con las diferentes instituciones (SEDES, CEAS, ONGS, farmacias, centros hospitalarios, Farmacia institucional municipal- FIM, agencias distribuidoras).

En coordinación con el CEPI Centro de Estudios de Posgrado e investigación  La carrera viene desarrollando la Maestría en Farmacología Clínica Versión I Modalidad virtual con buena participación de profesionales del área de igual manera se  ha ofertado otros programas de Posgrado modalidad virtual como ser Maestría en Ciencia y Técnica dermocosmetica Versión 1, Diplomado en Industria Farmacéutica Versión 1 cuyo inicio está programado para la presente gestión.

La Carrera de Química Farmacéutica, acreditada nacional e internacionalmente como formadora de profesionales de calidad y competitividad, con capacidad investigativa e innovadora para contribuir a mejorar las condiciones de vida de la población en las áreas de su competencia y formación de equipos multidisciplinarios y el establecimiento de vínculos en el ámbito nacional e internacional para la generación y ejecución de proyectos científicos, innovación tecnológica y educación de pre y postgrado, con perfiles que respondan a las demandas de la sociedad.