En 1838, mediante un Decreto Supremo del 10 de noviembre, se fundó la Escuela de Farmacia, originariamente concebida como una cátedra de Farmacia dentro de la Facultad de Medicina, otorgando a sus graduados el título de Médico-Farmacéutico. En 1958, como resultado de los acuerdos alcanzados en la Conferencia de Facultades, se aprobó un Plan de Estudios Mínimo para la Escuela de Farmacia, lo que llevó a su cambio de nombre por Escuela de Química y Farmacia, de acuerdo con el artículo tercero del Estatuto Orgánico de la Universidad. En 1964, la Escuela de Farmacia obtuvo independencia de la Facultad de Medicina gracias a la Resolución Rectoral N° 125/65, emitida el 8 de octubre de 1965.

En 1966, emergió la Escuela de Farmacia y Bioquímica, que ofrecía un programa de estudios de cinco años y otorgaba los títulos de Farmacéutico y Farmacéutico Bioquímico. Finalmente, el 24 de julio de 1970, la Facultad de Farmacia y Bioquímica fue establecida por la Resolución del Consejo Universitario N° 58/70. No obstante, en 1971, bajo la administración del General Hugo Banzer Suarez, se intervino en las universidades del país, lo que dio lugar a una reforma que agrupó Medicina, Farmacia y Bioquímica, Odontología, Enfermería y, más adelante, Tecnología Médica en la Facultad de Ciencias de la Salud, eliminando así su estatus de Facultad. Se implementaron múltiples ajustes en el Plan de Estudios a lo largo de los años, respondiendo tanto a la evolución de las necesidades educativas como a la normativa universitaria, bajo la supervisión de expertos en metodología y diseño curricular, y con la colaboración de docentes y autoridades de la Facultad. El 19 de diciembre del 2013 con Resolución HCU N° 43/2013 se ratifica la Resolución Rectoral N° 1238/2013 de creación de la Carrera de Biología, como tercera unidad académica dentro de la Facultad de Ciencias Químico Farmacéuticas y Bioquímicas. Los cambios más recientes incluyeron un programa de licenciatura de cuatro años implementado en 2014 para las tres carreras, la aprobación e implementación de los nuevos diseños curriculares (Plan 13) para las Carreras de Química Farmacéutica y Bioquímica en 2017 que continúa siendo el marco curricular vigente hasta la fecha, y del Rediseño Curricular (Plan 2) de la Carrera de Biología para su implementación y ejecución a partir de la gestión 2023.

• 1980-1981
  Decano de la Facultad de Ciencias de la Salud: Dr. Néstor Enríquez.
  Coordinadora de la Carrera: Dra. María Luisa Henrich. 
• 1981-1982
  Decano de la Facultad de Ciencias de la Salud: Dr. Zacarías Crespo Villegas
  Coordinadora de la Carrera: Dra. María Luisa Henrich.
• 1982-1983
  Decano de la Facultad de Ciencias de la Salud: Dr. Enrique Azurduy.
  Coordinadora de la Carrera: Dra. María Luisa Torres.
• 1983-1984
  Decano de la Facultad de Ciencias de la Salud: Dr. Enrique Azurduy
  Coordinadora de la Carrera: Dra. Hortensia Carrasco Claros.
• 1985-1988
  Decano de la Facultad de Ciencias de la Salud: Dr. Enrique Azurduy
  Directora de la Carrera: Dra. Beatriz Carrasco Rosso
• 1989-1990
  Decano de la Facultad de Ciencias de la Salud: Dr. Ricardo Rivera C
  Directora de la Carrera: Dra. Beatriz Carrasco Rosso.
• 1990-1993
  Decano de la Facultad de Ciencias de la Salud: Dr. Jorge Carrasco Fernández
  Directora de la Carrera: Dra. Delfina Eguez de Magariños
• 1994-1997
  Decana de la Facultad de Ciencias Químico Farmacéuticas y Bioquímicas: Dra. Delfina Eguez de Magariños
  Directora de la Carrera: Dra. Beatriz Carrasco Rosso.
• 1998-2001
  Decana de la Facultad de Ciencias Químico Farmacéuticas y Bioquímicas: Dra. Delfina Eguez de Magariños
  Director de las Carreras: Dr. Luís Sivila Mogro
• 2002-2006
  Decana de la Facultad de Ciencias Químico Farmacéuticas y Bioquímicas: Dra. Jenny Durán Pérez
  Director de las Carreras: Dr. Luís Sivila Mogro.
• 2007-2010
  Decano de la Facultad de Ciencias Químico Farmacéuticas y Bioquímicas: Dr. Luis Sivila Mogro
  Director de las Carreras: Dr. José Luis Arrázola.
• 2010-2014
  Decano de la Facultad de Ciencias Químico Farmacéuticas y Bioquímicas: Dr. Juan Carlos Pizarro
  Director Carrera de Química Farmacéutica: Dr. Nelson Pereira
  Directora Carrera de Bioquímica: Dra. Marycruz Mojica
• 2014-2018
  Decana de la Facultad de Ciencias Químico Farmacéuticas y Bioquímicas: Dra. Ana Sirley Calderón Flores
  Directora Carrera de Química Farmacéutica: Varios interinatos.
  Directora Carreras de Bioquímica y Biología: Dra. Myriam Corrales Corrales
• 2018-2022
  Decano de la Facultad de Ciencias Químico Farmacéuticas y Bioquímicas: Dr. José Luis Arrázola
  Director Carrera de Química Farmacéutica: Dra. Thania Castillo
  Directora Carreras de Bioquímica y Biología: Dra. Magaly Magariños
• 2022-2026
  Decana de la Facultad de Ciencias Químico Farmacéuticas y Bioquímicas: Dra. Marycruz Mojica
  Director Carrera de Química Farmacéutica: Dra. Bertha Moscoso
  Directora Carreras de Bioquímica y Biología: Dra. Myriam Corrales