La Creación de la Facultad de Ciencias Químico Farmacéuticas y Bioquímicas de la Universidad Mayor Real y Pontificia de San Francisco Xavier de Chuquisaca fue dada por Decreto Supremo del 10 de Noviembre de 1838, cuando el General José Ballivián dispone la creación de la Escuela de Farmacia, como materia Farmacéutica y Farmacia Experimental dentro de la Facultad de Medicina donde los profesionales ostentaban dos (2) títulos: Médico – Farmacéutico.

Antes y después de la Guerra del Chaco, es la Escuela de Farmacia dependiente de la Facultad de Medicina, la que forma profesionales farmacéuticos. En este periodo, la escuela es dirigida por el Dr. Ramón Chumacero Vargas, alma máter de la institución que dictaba varias Cátedras puesto que las condiciones de la época así lo imponían.

En la época de los 40, se adquiere el único laboratorio para la escuela. Hasta 1947, la escuela adopta un plan de estudios muy especial, con el único objetivo de formar farmacéuticos, orientados exclusivamente al despacho de recetas, como una aplicación farmacéutica, descuidando el aspecto químico.

En 1949, se incorpora al Plan de Estudios, la Asignatura de Bromatología y gracias a las gestiones del Dr. Guillermo Francovich, se instala el primer Laboratorio de Bromatología.

En 1950, se independiza la Asignatura de Química Analítica; en el mismo año, se plantea reformular el Plan de Estudios, a sugerencia de 2 profesores becados que retornaban de la República Argentina enfocando la formación desde el punto de vista Bioquímico.

En 1952, la materia de Química Inorgánica, se separa de Galénica y se enseña la primera parte como Química General; igualmente se separan las cátedras de Química Orgánica y Botánica.

En 1954, se lleva a cabo la Primera Conferencia de Facultades de Medicina, Odontología y Farmacia, bajo los auspicios del Decano  Dr. Emilio Fernández.

Los decanos y delegados de farmacia de La Paz y Cochabamba, se sorprenden al encontrar un nivel académico superior no obstante de ser escuela.

En 1956, en cumplimiento a los acuerdos de la Conferencia de Facultades, se elabora y aprueba un Plan de Estudios mínimo para la Escuela de Farmacia y de acuerdo al artículo 3º del Estatuto Orgánico de la Universidad Mayor, Real y Pontificia de San Francisco Xavier de Chuquisaca, se cambia la denominación por Escuela de Química y Farmacia.

A partir de agosto 1957, por Resolución de Consejo Universitario se otorga el Título de Químico Farmacéutico con carácter general. En el año 1963, la Escuela de Farmacia mantiene su estructura.

En 1965, la Escuela de Farmacia, comienza la Formación de Profesionales independiente de la Facultad de Medicina por Resolución Nº 125/65 del 8 de octubre de 1965. En el año 1966, nace la Escuela de Farmacia y Bioquímica con 5 años de estudio y otorga los títulos de: Farmacéuticos y Bioquímicos.

El 24 de julio de 1970 por Resolución de Consejo Universitario Nº 58/70, se determina la Creación de la Facultad de Farmacia y Bioquímica. En año 1971, en el Gobierno del General Hugo Banzer Suarez, se intervienen las Universidades y se impone la Reforma Universitaria, desde este año la graduación se realiza a través de tesinas.

En noviembre de 1972, las Universidades del país reinician labores luego de aprobar la Ley Fundamental de la Universidad Boliviana mediante DL Nº 10298, poniendo en vigencia un nuevo esquema académico administrativo. La reforma impuesta a las Universidades Bolivianas, concentraron en la Facultad de Ciencias de la Salud a la Carreras: Medicina, Farmacia y Bioquímica, Odontología, Enfermería y posteriormente Tecnología Médica, perdiéndose de esta manera, el rango de Facultad.

A partir de 1984, se aplica un nuevo Plan de Estudios con sistema anualizado. La formación en Farmacia implica cuatro años y la licenciatura en Farmacia y Bioquímica cinco años con dos trabajos de tesis, uno por carrera, previa elaboración de proyecto de acuerdo a normas y reglamentos elaborados para esta única modalidad de egreso. Desde 1986, se aprueba un nuevo currículo por Resolución Rectoral 071/87 y se otorga los Títulos de: Farmacéutico Bioquímico, con duración de 5 años y la opción de lograr el título de Farmacéutico con cuatro años. Teniéndose como única modalidad de egreso la tesis hasta el año 1990. A partir de este año a la fecha, se incluye la modalidad de internado rotatorio evaluado como otra forma de titulación.

En consideración al amplio perfil del Profesional Farmacéutico Bioquímico y la amplitud de funciones a desempeñar en cada una de las profesiones, en la Sectorial Nacional de Facultades de Farmacia y Bioquímica efectuada el año 1990, se determinó efectuar la Formación de Profesionales Químico Farmacéutico y Bioquímicos en forma separada.

El año 1992, por Resolución de Consejo Universitario Nº 89/92, se recobra la Jerarquía de Facultad bajo la designación: Facultad de Ciencias Químico Farmacéuticas y Bioquímicas.

El Plan de Estudios, se encontraba en su tercer año de aplicación con las carreras separadas, sin embargo, por Resolución 108/95 mediante dictamen Nº 15/95 del 11 de octubre, la Comisión Académica de la Universidad en contra de la reforma universitaria, ratifica la reunificación de la Carrera Químico Farmacéutico y de la Carrera de Bioquímica de acuerdo a un plan transitorio mejorado para su ejecución a partir de 1996. El año 1998, se determinó concluir con la Carrera integrada y separarla nuevamente en las dos carreras anteriormente citadas, donde las materias se estructuraron en forma anualizada con la oferta del Título: Licenciatura en Químico Farmacéutico y Licenciatura en Bioquímica ambos con 5 años de estudio.

A partir de entonces y durante cinco años en el Plan de Estudios, se realizaron varias revisiones y modificaciones asesoradas por expertos en el área Metodológica y Diseño Curricular con la participación activa del plantel Docente y Autoridades de la Facultad.

Algunos de estos cambios, responden a normas y requerimientos impuestos por el contexto Universitario actual y otros satisfacen la necesidad de actualización continua de Planes y Programas. Es así, que se trabaja en la mejora de programas, revisión de contenidos y realización de reunión pre-sectorial, para luego ingresar a la Sectorial de Facultades de Farmacia y Bioquímica, con la finalidad de redefinir o ratificar el perfil profesional en las áreas del medicamento, alimento, cosmético, tóxico, productos naturales y en Bioquímica en temas referidos a: análisis clínicos, bioquímicos, biotecnología , producción industrial, dentro de los campos de: investigación, interacción social, atención asistencial, administración, educación, asesoría, postgrado y otros aspectos comunes para ambas Carreras de la Facultad.

El 2004, la Facultad de Ciencias Químico Farmacéuticas y Bioquímicas, organizó la pre-sectorial del 23 al 27 de agosto, formando las siguientes comisiones: institucional, académica, investigación, interacción social y postgrado, misma que fue concluida en una plenaria en la gestión 2005, obteniendo conclusiones importantes, para luego ingresar a la Sectorial de Facultades de Ciencias Farmacéuticas y Bioquímicas a realizarse la tercera semana de mayo en la gestión 2006, fechas acordadas en consenso con todas las autoridades: Decanos y Directores que con motivo de realizar la revisión técnica de evaluación y acreditación de las Carreras Farmacia y Bioquímica, tuvo lugar en la ciudad de Sucre convocada por el C.E.U.B.

La acreditación de la Facultad de Ciencias Químico Farmacéuticas y Bioquímicas, se realizó el año 2006 ante el C.E.U.B., durante la gestión de la Dra. Jenny Durán Pérez.